Program Studi (Prodi) Manajemen Pendidikan Islam (MPI) Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta merupakan perkembangan dan kelanjutan dari Jurusan Kependidikan Islam (KI). Jurusan KI—khususnya yang bernaung di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta—mulai beroperasi pada tahun 1996 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No. E/58/1999. Ijin operasional ini diperpanjang hingga tanggal 29 Januari 2010 berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam No. Dj.1/39/2010. Visi Jurusan KI pada saat itu adalah “unggul dan terkemuka dalam bidang kependidikan berbasis keislaman dan keilmuan bagi peradaban”, Jurusan KI bertekad menghasilkan lulusan dengan standar akademik yang ditetapkan dalam sasaran mutu. Berdasarkan visi tersebut, langkah strategis pengembangan Jurusan KI bertumpu pada upaya penguatan iman dan taqwa kepada Allah SWT, serta penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kependidikan Islam. misi Jurusan KI adalah; (1) mengembangkan pendidikan dan pengajaran dalam bidang kependidikan Islam, (2) mengembangkan penelitian dalam bidang pemikiran kependidikan Islam, (3) meningkatkan peran serta jurusan dalam bidang pemikiran dan pengembangan pendidikan Islam bagi masyarakat, dan (4) meningkatkan kerjasama dengan berbagai pihak untuk melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi, terutama di bidang kependidikan Islam. Sebagai perwujudan visi dan misinya, Jurusan KI memiliki tujuan untuk menghasilkan sarjana kependidikan Islam profesional yang mampu menguasai, mengembangkan, sekaligus mengamalkan ilmu pengetahuan dan teknologi, utamanya di bidang pemikiran dan manajemen pendidikan Islam. (Sumber: Jurusan Kependidikan Islam Fakultas Tarbiyah dan Keguruan, Borang Akreditasi Program Studi Jenjang S1 Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi, (Yogyakarta: tp, 2013), hlm. iv)

1. Peraturan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No.1429 Tahun 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam tahun 2012. Tanggal 31 Agustus 2012 dan Keputusan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta No. 2407 tahun 2012 tentang Perubahan Jurusan Kependidikan Islam (KI) menjadi Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) pada Fakultas Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta tanggal 13 Desember 2012 
2. Keputusan Direktur Jenderal Pendidikan Islam No. 1185 tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (S1) pada Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta tanggal 13 Agustus 2012
3. Surat Keterangan Rektor UIN Sunan Kaljaga Yogyakarta No. 4509/Un.02/TU.00.9/08/2017 tentang Dasar Penyelenggaraan Jurusan Kependidikan Islam (KI) dan Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI)
4. Surat Keterangan Rektor UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta No.5386/Un.02/R/TU.00.9/10/2018 tentang UIN Sunan Kalijaga sejak tahun 2015 sudah tidak menerbitkan Akta IV bagi semua lulusan Fakultas Tarbiyah (di dalamnya ada jurusan KI).
5. Surat Keterangan Dekan Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta No. B-4092/UI.02/DT/PP.08.1/10/2018 yang menjelaskan bahwa Jurusan Kependidikan Islam (KI) memiliki kompetensi mengajar Pendidikan Agama Islam (PAI) serta segala hak dan wewenang yang berhubungan dengan Akta Mengajar yang dimiliki.