Program Studi (Prodi) Manajemen Pendidikan Islam (MPI) Fakultas Ilmu Tarbiyah dan Keguruan Universitas Islam Negeri (UIN) Sunan Kalijaga Yogyakarta merupakan perkembangan dan kelanjutan dari Jurusan Kependidikan Islam (KI). Jurusan KI—khususnya yang bernaung di UIN Sunan Kalijaga Yogyakarta—mulai beroperasi pada tahun 1996 berdasarkan SK Direktur Jenderal Pembinaan Kelembagaan Agama Islam No. E/58/1999. Ijin operasional ini diperpanjang hingga tanggal 29 Januari 2010 berdasarkan SK Dirjen Pendidikan Islam No. Dj.1/39/2010. Visi Jurusan KI pada saat itu adalah “unggul dan terkemuka dalam bidang kependidikan berbasis keislaman dan keilmuan bagi peradaban”, Jurusan KI bertekad menghasilkan lulusan dengan standar akademik yang ditetapkan dalam sasaran mutu. Berdasarkan visi tersebut, langkah strategis pengembangan Jurusan KI bertumpu pada upaya penguatan iman dan taqwa kepada Allah SWT, serta penguasaan ilmu pengetahuan dan teknologi di bidang kependidikan Islam. misi Jurusan KI adalah; (1) mengembangkan pendidikan dan pengajaran dalam bidang kependidikan Islam, (2) mengembangkan penelitian dalam bidang pemikiran kependidikan Islam, (3) meningkatkan peran serta jurusan dalam bidang pemikiran dan pengembangan pendidikan Islam bagi masyarakat, dan (4) meningkatkan kerjasama dengan berbagai pihak untuk melaksanakan Tridharma Perguruan Tinggi, terutama di bidang kependidikan Islam. Sebagai perwujudan visi dan misinya, Jurusan KI memiliki tujuan untuk menghasilkan sarjana kependidikan Islam profesional yang mampu menguasai, mengembangkan, sekaligus mengamalkan ilmu pengetahuan dan teknologi, utamanya di bidang pemikiran dan manajemen pendidikan Islam. [1]

Perubahan Jurusan KI menjadi Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) dimulai dari keluarnya Peraturan Direktur Jenderal Pendidikan Islam Nomor 1429 tahun 2012 tanggal 31 Agustus 2012 tentang Penataan Program Studi di Perguruan Tinggi Agama Islam yang mengharuskan Jurusan KI menyesuaikan namanya menjadi Prodi MPI.[2] SK ijin penyelenggaraan Prodi S1 MPI diterbitkan oleh SK Dirjen Pendis tanggal 13 Agustus 2012 No. 1185 Tahun 2012 tentang Izin Penyelenggaraan Program Studi Strata Satu (S.1) pada Universitas Islam Negeri Sunan Kalijaga Yogyakarta tahun 2012.[3] Gelar Akademik Prodi MPI pada saat itu berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia No.36 tahun 2009 tentang Penetapan Pembidangan Ilmu dan Gelar Akademik di Lingkungan Perguruan Tinggi Agama tanggal 19 Nopember 2009 adalah Sarjana Pendidikan Islam (S.Pd.I.). Pada tahun 2016 berdasarkan Peraturan Menteri Agama Republik Indonesia Nomor 33 Tahun 2016 Tentang Gelar Akademik Perguruan Tinggi Keagamaan bahwa gelar akademik Program Studi Manajemen Pendidikan Islam (MPI) adalah Sarjana Pendidikan (S.Pd.) Prodi MPI telah mendapatkan Akreditasi (A) berdasarkan keputusan BAN-PT No.061/sk/ban-pt/akred/s/ii/2014 berlaku sejak 22 November 2013-22 november 2018.[4] Tahun 2018 Prodi MPI melakukan re-akreditasi dan alhamdulillah mendapatkan akreditasi (A) dari Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT) dengan No. 1903/SK/BAN-PT/Akred/S/VII/2018 dengan masa berlaku sejak tanggal 24 Juli 2018-24 Juli 2023.